明治期の実業家・教育家であった木澤鶴人は、福沢諭吉が創設した慶應義塾に学び、故郷の松本で実業教育を実践すべく、明治31(1898) 年に「戊戌学会」を設立した。戦前には、この「戊戌学会」が松本戊戌商業学校へ、さらには松本商業学校へと発展し、戦後になって松商学園として再スタートを切った。この時、松商学園は、中学と高校を併設する学校法人となった。
学園の創始者である木澤が「戊戌学会」を創設したときに掲げたのが「自主独立」であり、以来、松商学園は、一貫して「自主独立」を建学の精神としてきた。
松本大学
松本大学設立の趣旨には、「教育・研究を通じた地域社会への貢献を目標としている」ことが掲げられており、「地域貢献」が、松本大学の基本理念である。 また、松本大学は、学則第2条に「本学は、教育基本法及び学校教育法の趣旨に則り、本学園創立の精神たる自主独立に基づく人間教育を行うことにより、地域社会の振興と地域文化の発展に資する人材を育成し、もって平和で豊かな社会の創造に貢献することを目的とする。」と使命・目的を定めている。
松商学園高等学校
松商学園高等学校では、「目標、理念を持って総合的教育力の向上を図る教育活動を通して豊かな人格の形成を図りつつ、知性・学力の向上に努め、「自主独立」の精神溢れ、将来社会に貢献し、リーダーとなる人間を育成すること」をその目標としている。
松本秀峰中等教育学校
松本秀峰中等教育学校では、「大きな夢と確かな知性・国際性を持ち、他の存在や異なる価値観を尊重する自由で強靭な精神によって、未来の日本や世界をリードする人材の育成」を教育理念としている。